Nell'attuale allestimento i materiali sono organizzati secondo un criterio topografico che si propone di suggerire rimandi ai contesti di provenienza, sollecitando l'interesse del visitatore verso una più ampia conoscenza del territorio e delle fasi storiche della Terracina romana. L'esposizione non mostra l'intera raccolta museale, ma soltanto quei reperti considerati, per il particolare interesse documentario e per l'intrinseco pregio artistico, più esemplificativi del valore storico della collezione. Una sicura novità nell'allestimento è costituita dalla presenza di alcuni materiali di più recente acquisizione e di altri che, pur appartenendo al nucleo originario della raccolta, non figuravano nell'ordinamento precedente. Nella prima sala i reperti, in gran parte riferibili ad ambito funerario, documentano gli avvenimenti storici legati alla conquista di Terracina da parte dei romani, alla deduzione della colonia anxurnas, al passaggio della via Appia nel territorio centuriato della Valle.
Lo spazio pertinente alla Torre Frumentaria è riservato ai materiali provenienti dalla città alta e dal Foro Emiliano. Le statue, i ritratti e gli altri reperti esposti hanno prevalente carattere onorario e commemorativo. L'allestimento del terzo ambiente invita a focalizzare l'attenzione sugli episodi che hanno caratterizzato le fasi dello sviluppo urbanistico di Terracina nella piena età imperiale.